天才的な頭脳を持つ数学者が公園で射殺される。しかも遺体の右手人差し指が切り落とされていた。捜査を進めるうちに、被害者は高度なコード解析装置の開発を行っていたことがわかる。その装置の価値は計り知れない。犯人は指紋認証の金庫を開けるために指を持ち去ったようだが・・・。リグスビー役のオーウェン・イオマンの妻ルーシー・デイヴィスが被害者の妻ダフネ役で登場。
いつものようにモニカとレイチェルの部屋に朝食を食べに来たチャンドラー。ちょうどシャワーから出てきたレイチェルとハチ合わせし、彼女の裸を見てしまう。大激怒したレイチェルはチャンドラーに復讐をたくらむが…。
フランクの操縦するヘリで、貨物船に向かったデズモンドとサイード。ところがヘリは積乱雲に巻き込まれ、その衝撃がきっかけとなって、デズモンドの意識は、過去に所属していた軍隊のキャンプと現在を行き来するようになる。心配するサイードは、海岸で待つジャックに連絡を入れ、デズモンドの錯乱した様子を報告。ジャックは必死に自分の日記帳を探し始める。
ソーヤーたちを招集し、「すべてを話す」と宣言したロックは、マイルズたちが島に来た本当の理由を明かす。彼らの目的はベンだったのだ。ミーティングの最後で、ベンは娘のアレックスを呼び止め、ルソーとカールと共に島に残された最後の聖域である“テンプル”へ逃げるようにと指示。一方サイードとデズモンドは、貨物船内でマイケルを発見する。
デズモンドを島に連れ戻したのはチャールズ・ウィドモアだった。訳が分からずに暴れるデズモンドは無理やり発電室へ運びこまれ、椅子に縛り付けられる。ウィドモアは、これが全人類を救う実験だと説明し、予定を早めて電磁波の照射テストを始めるよう命令する。一方、もうひとつのストーリーでは、シドニーで商談を終えたデズモンドがロサンゼルスでボスのウィドモアと再会。