ヘイワイヤーのせいで思うように“仕事”ができず、計画が遅れ気味のマイケル。所長に同房者の変更を嘆願するが、それに気付いたベリックからは逆に厳しく締めつけられる。
シークレットサービスのケラーマン捜査官とヘイル捜査官がポープ所長を訪れ、マイケルを別の刑務所に移すという。追い込まれたホープ所長は移送する事をマイケルに告げると、マイケルは兄の死刑執行まで待って欲しいと頼む。
兄リンカーンの死刑執行が刻一刻と迫る中、マイケルは点呼が多すぎて脱獄のための作業が思うようにすすまないと弱音を吐く。そこで同房が、点呼も見回りもない房内監禁となるある手段を思いつく。しかし、騒ぎは大規模な暴動に発展してしまう。
マイケルはホープ所長を脅し、リンカーンを懲罰房から診療室に移すよう連絡させクローゼットに押し込む。秘書には、所長は重要な電話をしているようなので、邪魔されたくないみたいだと話し立ち去る。そしてマイケルは、受刑者を率いて脱獄計画を遂行する!!
囚人達が大騒ぎする中、ポープ所長はマイケルの房に向かいトイレ裏の穴を発見する。マイケル、リンカーンと受刑者たちは自由のため逃走し、看守や地元警察が脱獄犯の追跡をする。一方ベロニカは、真相を暴くカギを見つけにモンタナへと向かう。
