かつて『ポールの家』というシットコムで主役を務めた元子役のコーリーは、カルト集団を率いて「預言者ジェデダイア」を名乗っていた。2019年6月、核ミサイル発射の誤報を「救世主からの迎え」と勘違いした彼の信者たちの自殺をロペスが止めていた。同年9月、誘拐の通報がありノーランとハーパーがコーリーの家に駆け付け、洗脳された19歳の信者オーロラを無事父親のもとへ帰すが、その2日後……。
ホームレスが川辺で拾ったスーツケースから遺体が出てくる。被害者は、2週間前に失踪した15歳のマニーと判明。部屋からは不相応な大金が見つかる。ガールフレンドのキャットが、最後に彼に会ったのは2週間前のパーティーで、渋る彼を説得して連れて行ったと言う。
十代の少年が殺害された事件を捜査していたボイトは、彼が17年前に担当した事件との関連性に気づく。有名な弁護士である、被害者の父が、捜査権をエリア・セントラルに移すように要請する一方、ボイトは、かつての相棒であるデニー・ウッズ警部補の厳しい監視を受けながらも、17年前の事件を再捜査する。
マクギーとトーレスは、ひき逃げ事件の証人である女子高生に会うためベル家を訪れる。その後、両親のクリストファー (ジェイミー・ケイラー) とジュリー (ガブリエル・カーテリス) が娘を連れて逃亡したことで、NCISは窮地に。一方、ヴァンスの娘ケイラが万引きで逮捕される。
3つの殺人事件を捜査する内に、リディアは新しい相棒の捜査の進め方に、埋められない違和感を覚える。一方、サミーは日常生活をもまともに送れない自分の妻タミーとの関係に疲弊感を覚え始める。