ブレナンが身元確認中のとある女性の遺体が、15年前父親と共に失踪した彼女の母親であると判明する。長年思い続けた母親の消息を知った彼女はショックを受ける。一方、ブレナンの両親の死を捜査していたブースが見つけたのは、彼らは法に追われるものだったという事実だった。彼女の両親、そして彼女自身の過去が明らかになる中、ブレナンは新たな現実に立ち向かうことになる。
元FBI捜査官が殺害された事件が、10年前にブレナンの父を巻き込んだ陰謀の存在を露呈する。そんな中、博士号を修得するための口頭試問を受けたザックに、就職に必要なのはプロらしい外見だとアンジェラがアドバイスする。
建築作業員が、膝蓋骨が手術で取り除かれた神父の遺体を発見。それは“父亡き息子”連続殺人事件の新たな被害者だと判明する。アンジェラが被害者を示すと思われる図柄を発見したことで、ブースたちは犯人がある法則に従って被害者を選んでいることに気づく。
白いあご髭とサンタの衣装を身にまとった遺体が、クリスマスの3日前に発見される。科学的証拠を集めると、被害者は何をとっても本物のサンタと一致する。しかも男の本名はサンタの本名と同じクリス・クリングルだった。
ブレナンの父親の裁判が始まる。ブレナンを除くジェファソニアンのメンバーは全員、検察側の専門家証人として法廷に出廷。自分たちの証言によってはブレナンの父親に死刑判決が下る可能性があるため、ブースたちは公明正大な態度を保とうとする。