シールドはヒドラによって壊滅状態となったが、コールソンは長官からのメッセージを発見しある場所へ行く。そこにはシールドの中でも知られていない長官の秘密基地、通称プロヴィデンスがあった。一方、シールドの収容所フリッジもヒドラたちによって解放されて、囚人たちや数々の貴重な物品が奪われてしまう。