人類を救う闘いは熾烈を極めていた。監視人を倒すための計画を記憶から消されてしまったビショップ博士。フリンジ・チームは、博士がメモか何かの記録を残していた可能性を考え、ハーバード大学の博士のラボへ行くことにする。だが、大学は5年前から監視人によって乗っ取られており、許可証がなければ中に入れない。博士は大学へ潜入する、あるルートを思いつく。