ダナ・スカリー捜査官は、フォックス・モルダー捜査官によって再開されたX-ファイルと呼ばれる事件の捜査に巻き込まれる。
モルダーはプエルトリコでのエイリアンとの接触を調査するため、新しい仕事を辞める。そしてスカリーは、彼の失踪についてFBIに質問され、手がかりを追い始める。
ディープ・スロートは、行方不明の逃亡者と地球外ウイルスのクローンに関わる危険な事件の情報をモルダーに伝える。
モルダーとスカリーは、モルダーの父親と関係のあるナチスの戦犯と対面する。そして、2人の男が働いていたプロジェクトの現場で、スカリーとモルダーは待ち伏せにあう。
ネイティブアメリカンの神秘的な儀式により、モルダーは蘇る。一方、スカリーはエイリアンの実験に関する秘密のファイルを追い、知らず知らずのうちに命を狙われる羽目になってしまう。
