死刑囚リンカーン･バローズの弟で建築技師であるマイケル･スコフィールドは、ある計画に役立つタトゥーを上半身全体に入れて意図的に刑務所への投獄を受ける。そして、兄を救出するために、刑務所を設計した知識を用いて脱獄を計画する。
マイケルは脱出に必要なボルトをティーバッグのベンチから抜き取るが、運悪く見つかり取り上げられてしまう。その頃、所内は黒vs白人の不穏な空気が所内に漂っていた。そしてついに暴動が発生、どさくさに紛れマイケルはボルトを取り返すがティーバッグとの確執を一層深めてしまう。
ヘイワイヤーのせいで思うように“仕事”ができず、計画が遅れ気味のマイケル。所長に同房者の変更を嘆願するが、それに気付いたベリックからは逆に厳しく締めつけられる。
3年前、設計事務所に勤務していたマイケルは順風満帆な人生を送っていたが、問題を起こしては助けを求めてくる兄がいた。回想の中でリンカーン、スクレ、ティーバッグ、シーノートと医師サラが刑務所に至った経緯と、マイケルが兄の脱獄を計画した動機が明らかになる。
「メンバーを一人減らさなければ、脱出は成功しない…」この一言に一同はお互い疑心暗鬼に陥る。ティーバッグは、のけ者にされないために保険を掛けておいたという。一方、ニックが入院している間にLJはひそかに母親の葬儀へ向かう。
