新型コロナの影響でロサンゼルスにロックダウンが迫る中、BLM (ブラック・ライヴズ・マター) 運動のデモ隊が通りを埋め尽くしていた。ホンドーは1992年のロス暴動のことを思い出しつつ、毎年開かれているロス暴動の記念イベントに参加する。街では血液バンクを狙った爆弾テロが発生し、大勢の死傷者が出る。連続テロを防ぐため、SWATはテログループを追う。
セレブばかりを狙う窃盗犯の検挙のためS.W.A.T.チームが容疑者の部屋に突入しようとしたその時、すぐ近くのビーチでドローンが運んできた爆発物が炸裂し多数の死傷者が出る。連続して爆弾テロを起こす殺人犯を捕まえるため、ハリウッド署のリンチ警部補と協力して捜査を進める。その頃、ダリルと共にオーストラリア旅行から戻ったホンドーは、留守中に父親のダニエルが勝手に家に転がり込んでいたことを知る。
新型コロナの影響は一般市民や警察の任務にまで及んでいる。コロナ禍で困っている人のためにコミュニティセンターの食糧配布を手伝うホンドーは、ニシェルと再会する。タンは、自分の母がいざこざに巻き込まれケガをしたと連絡を受ける。そんな中、チェチェン出身の犯罪組織のボス、ラデックがLAに潜伏している可能性があると分かり、ホンドーのチームはCIAと共に彼を捕らえるべくその隠れ家と思われる家を監視する。
街でバスジャック事件が発生。騒ぎの発端はロッコという男と彼を追う組織とのカーチェイスだった。ロッコはマフィアの幹部だったが、FBIと取引して組織の犯罪を証言する約束をしていた。SWATはFBIと共同でロッコの捜索に当たる。クリスは戦術リーダー講習に応募する。だがタンとストリートも応募していたことを知り、猛烈なライバル心を燃やす。
市警が差別的な警官に対して誤った措置を取ったとホンドーが告発し、そのことが新聞に載る。それがきっかけで街では黒人による警察に対する抗議デモが起きていた。そんな中、警察署に爆弾が仕掛けられ、ケヴィン・ヒリアードという黒人の活動家が容疑者として浮上しチームが追う。告発により、ホンドーの警察官としての未来には暗雲が立ちこめていた。