意外な人物の手引きで逃亡できたアレックスだったが、リアム率いるFBIは彼女を捕まえようと総動員体制を敷く。もうアレックスには、自ら真犯人を見つけることしか無実を証明する術がなかった。そんな折、協力してくれるはずだったアカデミー時代の同期生ライアンに裏切られ、アレックスはついにテロリストとして全米に指名手配されることに! 一方で、【現在】のクワンティコではFBI捜査官になるための訓練が本格化し、好成績を残したアレックスがさっそく頭角を現した。
サイモンの協力を得て真犯人捜しを続けるアレックス。その中で浮かび上がったのはアカデミー時代の親友、シェルビーの関与だった。さらには“まさかこの人まで”と思う人物までが自分をワナに掛けようとしていることを知る。一体誰が本当の味方で、誰が敵なのか。そしてついにアレックスに射殺命令が!【現在】のクワンティコの訓練は人質救出作戦。それまで順調に実績をあげていたアレックスだが、リアムの思惑に乗せられ、大きな挫折を味わうことになる。
“ボイス” ―真犯人― の標的は、副大統領選に挑むクレア･ハース。そう確信したアレックスたちは、ボイスの指示に従うフリをして暗殺を阻止しようとする。だが、演説会場が突然停電になり、銃声が! 事情を明かせないためにライアンからも責められ、犯人に振り回されるアレックスに勝ち目はあるのか? 一方、過激派組織の襲撃を受けた【現在】のクワンティコ。研修生たちはカウンセリングを受けながら訓練を続け、ハイジャック犯の対処法を学ぶ。
