政府の決定の前に、トーチウッドになす術はなく、グウェンは一人奮闘する。世界は混乱状態に陥り、住宅街では暴動が起こる。そして人類の未来が今 決まろうとしていた。
世界中のすべての子供たちの動きが止まり、平穏な1日に恐怖が訪れた。そして「我らは来る」というメッセージが政府へ送られる。キャプテン・ジャックに魔の手が伸びる中、長いこと忘れられていた1965年の出来事の恐るべき真実が今暴かれようとしている。
ついに1965年に起きた出来事の真相を知ったトーチウッド。英国への国際的非難が高まる中、ジョン・フロビシャーは“456”との交渉に臨む。そこで明かされる“456”の真意とは・・・。
政府に急襲され、逃走を余儀なくされたトーチウッドのメンバーたち。迫り来る追っ手から彼らを救い出そうとするロイスだったが、その頃テムズハウスでは彼女の上司たちによって謎の計画が実行に移されようとしていた。
エイリアン“456”が「我らは来たれり」とメッセージを送り、世界中が英国に注目する。炎がロンドンに下り立ち、トーチウッドのメンバーは自身の家族を守るために戦うことになる。クレムの記憶がすべての鍵となるのだろうか？
