「カリブの宝石」と名高いベリーズのサンペドロ島を新婚旅行で訪れたジョンとスージーが、突然姿を消す。その後ジョンの遺体が見つかり、分析したクララは古代マヤ文明の風習による儀式が彼に施されていたと指摘する。また、ジャックは遺体の処理の仕方から初犯ではないとにらみ、現場付近を捜査。さらに2体の白骨化した遺体を発見する。そしてそれは、いずれも新婚旅行中に失踪した夫たちのものだった……。
参加していた海軍&海兵隊の慰安会で、死傷者を出す爆発が起こりNCISチームは捜査を始める。しかし調べていくうち、その爆破のターゲットはプライドだったと分かる。