ケイシーの家の隣に引っ越したサラたち。ある情報を手がかりに、サラとキャメロンは原子力発電所に潜入する。その頃、高校生活に意味を見出せないジョンは学校をサボり始めるが、新しい友人のライリーには心を開いていく。一方ウィーバーは、長年温めてきたプロジェクトに関係する重大なものを手に入れる。
サラの友人となったアンディが、コンピューターによるチェスの競技会に出場することになる。試合を見守るサラは、彼の高い能力を評価しつつも、それが悪い結果を招くのではないかと危惧する。競技会場では、サラの過去と密接につながっている男が現れるが、正体は謎だ。
チャーリーの妻がクロマティに誘拐され、サラとデレクは救出に向かう。しかしクロマティを出し抜くのは容易ではない― 救出作戦にはどんな犠牲が伴うのか。その頃、ジョンはライリーと楽しい時間を過ごすが、見張り役のキャメロンの存在をうとましく感じ始めていた。
3年前、サーチャー号にいたオーシャニック6のメンバーたちは、島の皆を守るため「嘘をつく」と決める。だが、一生嘘をつき通すことに抵抗を感じたハーリーは口裏を合わせることに反対し、今後は皆の頼み事は聞かないと宣言する。そして時は過ぎ現在、重傷を負い意識を失ったサイードを横に、ハーリーはある人物に助けを求める。
朝、ある建物の中でチャン博士が「ダーマ・オリエンテーション・フィルム2」の撮影を進めていると、作業員らしき男が駆け込んできてオーキッド基地で問題が起きたと知らせる。現場に駆けつけると、削っていた岩の奥に何かがあるらしいと分かる。博士は“破ってはいけないルールがある。何もするな”と言うが…。