スティーヴン・マルティネス

氷穴釣りをしていた父と息子が凍結した死体を発見。ブースとブレナンが捜査に乗り出す。遺体は数週間前にブースが乱闘したホッケーチームのメンバーだと判明、ブースが有力容疑者となる。そこで、FBI捜査官のペイトン･ペロッタがブレナンの助手として捜査に加わる。

基地の近くで女性兵士の遺体が発見され、CBIチームが調査する。被害者は、軍の病院で衛生兵として働き、PTSDに悩む兵士たちとも一緒に活動していた。ジェーンが捜査を進めるうちに、事件当日、被害者の友人が救急車を呼んだことが判明する。だが、事件を目撃した可能性も高いその友人は記憶障害にかかっており、当日のことをまったく思い出せなかった。

マイケルがCIAと取引をしたことで釈放されたマイケル、フィー、サム、ジェシーとマデリン。CIAの新たなボス、ストーンの下でマイケルは、ドミニカ共和国を拠点とするテロ組織のリーダーに対し潜入捜査を命じられる。そのリーダーは以前、マイケルが組んだことのある男、バークだ。一方、地元マイアミでは複数の偽名を名乗る男がサム、ジェシー、そしてマデリンに、マイケルの消息を尋ねて接触して来るのだが…。

誰にも告げず秘かに出国することをジェイムズから命令されたマイケル。着いた先でソーニャから伝えられた仕事はマイケルの旧友、ロジャー･スティールの暗殺だった。一方、カルロスを捜す人物がいると聞いたフィーは、2人で彼の故郷を訪れる。その人物とはカルロスに10年来の恨みを抱く悪党、ナンドだ。ナンドの追放を試みるカルロスとフィーだったが…。

マイケルとCIAの新たな関係をマデリンから聞き出した男を始末するためにストーンは、仲間との接触も含め誰にも姿を見られないことを条件に、マイケルを連れてマイアミへと戻る。しかし、既にその男の追跡を始めていたサムやフィーを監視することを命じられたマイケルの目の前で、フィーが誘拐されてしまう。仲間に対するスパイ行為に心の葛藤を抱えるマイケルは、任務か仲間の救出かという究極の選択を迫られる…。