2005年8月、カトリーナ台風に直撃される直前のニューオーリンズで、3件の連続殺人事件が起きた。被害者はいずれも男性。ノドを切られ、内臓を抜き出されるという残忍な犯行。犯人からの手紙を受け取っていた担当刑事ラモンテーンは、捜査中に台風の被害で死亡。死に際に「ジョーンズ」という言葉を書き残していた。BAUは捜査を開始するが、プロファイリングは難航、次々と被害者が出てしまう。
NCISは海軍予備役の記者の思いがけない死を捜査する。一方、ナイトとジミーの間に芽生え始めたロマンスは、移植用臓器を搬送中に起きた危機に邪魔されることに。