エアフォース･ワンに搭乗していた海軍将校が謎の死を遂げ、NCIS捜査官のギブスたちが捜査に乗り出す。また、ギブスはケイト･トッド捜査官にも強制的に協力させる。
元FBI捜査官フォーネル (ジョー･スパーノ) の娘エミリー (ジュリエット･アンジェロ) がオピオイドの過剰摂取で病院に担ぎ込まれ、フォーネルはギブスに麻薬の売人と供給者を逮捕するよう頼む。ギブスは捜査への私情や過去の敵討ちに思い悩む。
海軍中佐の遺体が、2人の麻薬売人の遺体と共に海岸に打ち上げられる。ギブスは中佐が麻薬に手を染めていたという臆測を認めようとしない。
ギブスが山小屋で静かな休暇を楽しんでいると、突然、トバイアス･フォーネル (ジョー･スパーノ) と海軍大佐フィル･ブルックス (ドン･レイク) がやってくる。さらに山小屋の近くに潜んでいる強盗犯を捜すようNCISから連絡が入る。
DCで車が爆発し、死者が出る。NCISの捜査官ニック･トーレス (ウィルマー･バルデラマ) が関係していることが捜査で判明。それはアルゼンチンで潜入捜査中だった半年前、失踪した人物だった。一方、クイン捜査官 (ジェニファー･エスポジート) が育てた8人の捜査官を次々とクビにしたギブスは、チームと行動を共にするようクインに提案する。
