ファースト・シーズンのフィナーレでレッド・ジョンを取り逃したジェーンとCBIのメンバー。その後も次々と事件を解決していくジェーンたちだったが、ミネッリは型破りな捜査方法を批判。さらに追い打ちをかけるように、リズボンのチームをレッド・ジョンの捜査担当から外してしまう。リズボンの元上司サム・ボスコが捜査を引き継ぐが、ジェーンはCBIのコンサルタントを辞めると言いだす。
田舎町の牧場で、溶接工カービー・ハインズが殺害される。土地の権利を巡って敵対し、地主一家に恨みを持っていたテッド・ラスコムに捜査の目が向くが・・・。一方、ジェーンはボスコの捜査を探るために盗聴器を仕掛けたことがバレてしまい、ついに逮捕されてしまう。囚われの身となったジェーンは、牢獄の中から事件を解決しようと試みる
女性議員メリンダ・バトソンの秘書クリスティンが遺体で発見される。クリスティンはメリンダの夫と不倫の噂があった。また継母ともうまくいっておらず、行方不明になった日に継母がクリスティンに何度も電話していたことが判明する。一方、ジェーンはレッド・ジョンの事件捜査を引き継いだボスコから事件の進捗状況を聞きだそうとあの手この手で探りを入れるが・・・。
建築家アラン・フォスターの遺体が発見される。彼は数ヶ月前に古い屋敷を購入し、リフォームを予定していた。警備会社によると、システムは正常に稼働しており、部外者が侵入した形跡もなかった。最初に現場に駆けつけた保安官代理によると、この屋敷には建築主であるウォルター・ベックワースの幽霊が出るという噂があるようだが、ジェーンは全く取り合わない。
ハーディー保安官の射殺事件の後、リズボンはCBIの規則に従い、医師のカウンセリングを受けていた。そんなとき、射殺死体が路地で発見され、リズボンが以前に逮捕した男であることが判明する。過去の経緯から、殺人の容疑をかけられてしまうリズボン。ジェーンとCBIのチョウ、リグスビー、ヴァンペルトは、リズボンの容疑を晴らすため独自に捜査を始める。
