スカリーが刑務所で死に至らしめる伝染病の蔓延を調査している間に、モルダーはその病気に感染した2人の脱獄囚を追跡する。
謎の生物に被害者たちが地下に引きずり込まれ、殺されてく事件を取り調べるオリビア、ピーターとウォルター。