シドニーは担当オフィサーとなったヴォーンの指示を受けながらSD-6の任務を再開するが、SD-6壊滅は遅々として進まない。やがて旧ソ連のファイル回収の任務が与えられ、パートナーのディクソンと共にロシアへ向かう。そしてCIAからも対抗任務が与えられる。
著名な科学研究者が毒殺される。第一容疑者が研究者の妻だということ、そして彼女がかつて、ジェーンの担当精神科医だったということを知り、ジェーンは、この事件に対して個人的な興味を抱く。
問題を抱える農家の少年を救うため、ブライヤークリフで悪魔払いが行われる。シスター・ジュードの暗い秘密が明らかにされる。
1975年、8歳の少女メラニーが森で行方不明に。実はその森は、メラニーと親友のシュリースがよく一緒にホタルを見ていた場所で、2人だけの内緒の遊び場だった。当時、肌の色が違う2人が親友であることに、周囲は好意的ではなく、トラブルが絶えなかったことがわかってくる。
CSIは3つの異なる殺人現場に夜呼び出され、一見それぞれ別の事件に見えたが、犯罪科学の証拠は事件がそれぞれ普通に繋がっていたことが明るみになった。