FBI捜査官を殺害した容疑で拘置所に収監されたブースは、囚人からも看守からも目の敵にされ、過酷な日々を送っていた。見かねたブレナンは調査で得た情報を使い、担当検事を脅迫。彼を釈放させる。自分を陥れた黒幕を捜そうと必死になるブース。一方、ブレナンたちは環境保護局の職員だったクーパーという男の遺体を掘り起こし、陰謀の真相を突き止めることに。病死とされていた彼が、実は殺されていた事実を突き止めるが…。
和平協定は白紙に戻ってしまい、テイラー大統領は各国代表団に会談の中止を伝えようとする。しかし、ジャモ大臣の提案で、和平協定を続行しようとするが、ロシアが反対する。苦肉の策として調停役に選ばれたのは…。一方、CTUのクロエはヘイスティングスに代わり臨時支部長役を任命される。
単純明快な訴訟だったはずが、ハーヴィーが夫のいる女性と関係を持ったと疑われたことで、思いもよらぬ展開に。マイクはルイスに難しい選択を迫られる。事務所にとっては裕福なクライアントと獲得することになるが、ハーヴィーには幻滅されることになるものだった。
この世のものとは思えない謎の生物が、FBI捜査官の臓器に寄生し、死の危険が迫る。一刻を争うこの事態は、パターンとの関係が極めて強く疑われた。オリビアは、ある服役囚に会うため、至急ドイツへ。この男こそ、さらに巨大な脅威の詳細を知る人物だった。一方、ビショップ博士とピーターは、オリビアを助けようと、死亡した男の脳波を探る。