プレンティスとリードが家宅捜索中に秘密のカルト集団の捕虜となる。
まるでゾンビに咬み殺されたかのような女性の遺体が見つかった。現場周辺を調査していたトミーは、血痕を辿り近くのビルへ侵入すると犯人を射殺。遺体の検分を行ったミーガンは、犯人が狂犬病を患っていたと断定する。ウイルスの突然変異を疑う検死局は、衛生局長のスタッフォードに協力を仰ぎ感染源を突き止めようとするが、その矢先、新たな事件が発生する。
少女専門精神科病院のシャワー室で、患者の遺体が見つかった。頭部を鈍器で３度殴られた痕を見つけたミーガンは、検死によって凶器を特定。また、左肩にワセリンのような粘度を持つ物質が付着していたことにも着目し、捜査を開始する。患者たちに事情聴取を行うミーガンとトミー。すると、ダービーという患者が「犯人は口封じのために私を殺しに来た」と、ある秘密を打ち明け始める。
ピーターの目の前でダニーが死亡した。突然、意識朦朧状態に陥り、車にひかれ、大量の血を吐き即死したという。翌日になるとダニーと同様の患者が次々と病院へ搬送されてきては、死んでいく。ミーガンは患者たちが謎のウィルスに感染したと断定する。そこへテロリストから犯行声明が届き、FBIも捜査に加わるが、市民の混乱を案じ「髄膜炎の流行です」と嘘の声明を発表してしまう。
フィラデルフィア上空を飛んでいた875便の機内で、挙動不審の男が発砲した。銃弾は窓を撃ち砕き、飛行機は墜落。機体の主要部分は市内の発電所に落ち、街の半分が停電状態に陥った。デート中だったミーガンとスタッフォードは、緊急事態を察して現場に急行。応急処置を行うミーガンは、生存者の話から、発砲した男は航空保安官のジョン・デーヴィスと特定する。
