新型コロナの影響は一般市民や警察の任務にまで及んでいる。コロナ禍で困っている人のためにコミュニティセンターの食糧配布を手伝うホンドーは、ニシェルと再会する。タンは、自分の母がいざこざに巻き込まれケガをしたと連絡を受ける。そんな中、チェチェン出身の犯罪組織のボス、ラデックがLAに潜伏している可能性があると分かり、ホンドーのチームはCIAと共に彼を捕らえるべくその隠れ家と思われる家を監視する。
幽霊船に取り残されたモルダーとスカリーは、自分たちを加速的に老化させる超自然的な力の謎を解き明かさなければならない。