ロス市内で致死率が高い未知のウイルスがまん延する。生物兵器テロの疑いからFBIも出動。チャーリーは数学を応用して感染経路の特定に全力を尽くす。やがてウイルスは新型のスペイン風邪と判明し、その菌株を保管していたある研究所に疑いの目が向けられる…。
チームは同じタイプの女性のみをターゲットにした連続暴行殺人事件の調査をしていた。現場からは手掛かりとなりうるものは見つからず、捜査が困難を極める中、FBIが介入。捜査の方法論をめぐってFBIと対立し、グリッソムは捜査の担当から外れることに…。
大富豪夫妻が殺害される。モンクは、事件が今を時めくプロ野球選手の最多本塁打記録の達成に関わりがあると見抜く。
こん睡状態の患者が緊急治療室に運ばれ、妊娠6週目と判明する。ベンソン刑事とステイブラー刑事はレイプ犯を探し出すためにDNA検査を行う。ところが、患者の担当医が妊娠を中絶しようとし、捜査が妨害される。