エアフォース･ワンに搭乗していた海軍将校が謎の死を遂げ、NCIS捜査官のギブスたちが捜査に乗り出す。また、ギブスはケイト･トッド捜査官にも強制的に協力させる。
ジャックの偽装死から18ヵ月後――首脳会談で訪米するロシア大統領を迎えるため、ロサンゼルスでは朝から緊張感が高まっていた。一方、依然としてCTUに勤めるクロエは、自宅からCTUに向かう途中、何者かに付け狙われる。ジャックの生存を知る彼女は身の危険を感じ、フランクと名を変えて潜伏生活を送るジャックに必死の救いを求める。
ジャックはクロエを拘束する。そして襲撃の際に手に入れた証拠を盾にローガンを脅し、スワロフを部屋へとおびき寄せる。『24』の象徴、時を刻み続けたあの時計がついに止まる。全シリーズを締めくくるエンディングとは…。
ロシア総領事館で拘束されたジャックを助けようと、ローガン元大統領は元妻マーサの協力を得てロシア大統領との接触を試みる。CTUでは、新しく赴任してきたマイク･ドイルがジャック救出作戦の指揮を執ることに。
ジャックとカーティスはマンディを捕まえ、トニーも無事だった。ジャックは大統領の免責状と引き替えに、マンディからマルワンの居場所を聞きだし、ヘリで現場に急行。ジャックがついに追いつめたと思ったのもつかの間、マルワンは自害してしまう。
