本格的にCTUに復帰し、工作部門を率いているジャック。1年にも及ぶ潜入捜査の末、中南米の麻薬王ラモン・サラザールを逮捕したが、ジャック自らも麻薬中毒に苦しんでいた。そんな中、麻薬犯罪組織が、ラモンを6時間以内に釈放しなければ、恐ろしいウィルスをばらまくと脅迫してきた。
衛生局に投げ込まれたウィルスに感染した死体は、麻薬ディーラー、ゴスのものだった。ジャックと若く優秀な相棒、チェイスはゴスの家へ急行。ジャックは娘キムとチェイスが付き合っていることを知る。再選に向けた討論会の準備で多忙のパーマー大統領。そんな中、弟ウェインがパーマーの主治医で恋人でもある、アンに関するスキャンダルを掴む。
CTUはカイルの行方を見失う。パーマーは、テロリストの要求は呑めないが、ウィルス拡散を黙って見過ごすわけにはいかない、と悩む。そんな中、ジャックは自らが刑務所へ押し入りラモンを脱獄させヘクターに引き渡そう、と提案する。
ジャックは麻薬運び人のカイルのバッグから、ウィルスと思われる白い粉を発見する。一方で、カイル追跡から外されたチェイスはジャックに対し不満を募らせる。パーマーはアンが元夫の麻薬取引に関わっていたことを知る。カイルを捕らえようとしたトニーは、ラモンの弟ヘクターに打たれてしまう。
パーマー大統領とキーラー議員の討論会が始まる。その頃、刑務所内は暴動騒ぎで混乱状態となる。ジャックはラモンを連れて脱獄を試みるが、2人は他の囚人に人質に取られてしまう。一方、CTUは逃走中のカイルを発見する。そして、キムとクロエは、ジャックが麻薬中毒になっていると気付く。
