デズモンドの3年前。フィリピンに入港していたところでペニーが産気づき、男児が生まれる。オックスフォード大ではファラデーの存在は抹消されていたが、それは「あの女の子」にひどいことをしたせいだと分かる。島では、ソーヤーたちが捕らえた二人が「他のもの」であることが判明。ジュリエットはリチャードに会わせるよう要求する。
朝、ある建物の中でチャン博士が「ダーマ･オリエンテーション･フィルム2」の撮影を進めていると、作業員らしき男が駆け込んできてオーキッド基地で問題が起きたと知らせる。現場に駆けつけると、削っていた岩の奥に何かがあるらしいと分かる。博士は“破ってはいけないルールがある。何もするな”と言うが…。
1800年代、島にはジェイコブと彼の敵がいた。近づくブラック･ロック号を呼び寄せたのはジェイコブだとその敵は言い、いつか抜け穴を見つけて殺したいと言って去る。幼少時のケイトやソーヤーのもとにジェイコブは現れていた。さらにサイードの愛する女性ナディアが殺される現場や、ジンとサンの結婚式にも彼は姿を現し、それぞれの手に触れていた。
キャビンの場所が分からなくなってしまったロックらは、やむを得ずジャングルの中でキャンプすることに。一方、黒煙の固まりに襲われた仲間を船に運び込んだキーミーは、船にスパイがいることを察知。初めはゴールドに疑いの目を向ける。一方フラッシュフォワードでは、高校時代のイジメられっ子のジョンがローッカーの中に閉じ込められ…。
ベンに撃たれたデズモンドは病院へ運ばれ、心肺停止状態に。処置を待っているペニーのもとに「事故は息子のせい。謝りに来た」とエロイーズが訪れる。デズモンドは一命を取り留め、エロイーズが病院を出ると、外にはウィドモアが。「娘との関係も犠牲の一つ」と言ってペニーと会うことを拒否するウィドモアに対し、「私も自分の息子を送り出した」とエロイーズは言い返す。
