平穏を取り戻そうとしていたデレクとアディソンの前に、突然アディソンの浮気相手のマークが現れる。
シェルドンとレナードの部屋に空き巣が入ってしまう。翌日、ハワードが安全錠や動作感知装置、赤外線センサー、カメラなどを部屋に取りつけてセキュリティを強化する。その夜、シェルドンは部屋で寝ようとしたときに物音を耳にするが、怖くて部屋を出られずに・・・。
2005年、アパートが全焼し、中にいた男の子の乳児が焼死する事件が起こる。事件当時、薬物依存症だった母親は男の子を家に置いたまま外出していたため無事だった。ところが、事件から3年が経ち、母親が死んだはずの息子を公園で見かけたと主張したことから、リリーたちは真相を突き止めるべく再捜査に乗り出す。
ロビンスの友人で資産家のオルティスの愛娘がメキシコ国境の街アルケロの荒野で死体となって発見された。死因はコカインの過剰摂取との現地報告に納得がいかない父親の依頼を受け、ロビンスとニックは真相を確かめるべくアルケロへと向かうが…。
内戦が続くコロンビアで政府と左翼ゲリラの停戦がついに実現。その原動力となった話題のカップルがDCを訪れるが、予期せぬトラブルから和平合意の締結と南米援助計画までもが暗礁に乗り上げる。宗教的武装組織の捜査に協力するヘンリーはアジトを突き止めるべくイアンを潜入させる。妻との関係修復が思うように進まず悩むジェイにブレイクがアドバイスする。ケヴィンと交際を始めたデイジーにショックな出来事が起きる。
