オーシャニック航空815便が乱気流に巻き込まれ、無人島に墜落した。生存者のひとりである医師のジャックは、トランシーバーを見つけ、救援を求めようとする。そして落ち着きを取り戻した頃、ジャングルから謎のうめき声が聞こえ、生存者たちは不安な日々を過ごすことになる。
元共和国軍通信士官だったサイードは、破損したトランシーバーを修理し、無線をとらえられるポイントを探しに山頂に登る。そこで彼らは謎のフランス語のSOS信号を受信する。16年間も送信続けられているこの信号により、彼ら以外の遭難者の影が浮き上がってきた。
少女の遺体が発見され、18時間前に失踪した2人の少女のうちの一人ケイティだと決定。残る行方不明者リンジーの自宅を訪れたリード、ロッシ、モーガンは、部屋が10代の少女らしからぬ殺伐としたものであることに気づく。
意識を取り戻した保安官はうわ言のように「彼女は危険な女だ」と繰り返す。そしてジャックに見せた逮捕写真に写っていたのは･･･。
300年前の骨を握りしめた死体が発見された。ブレナンとブースの捜査の行方は、海賊の財宝が眠っているとされる島へと導かれる。ところが、ダイビング調査中に発見された骨のいくつかは、ジェファソニアン研究所から持ち出されたものと判明。そこには思いもよらぬ犯人の利己的な動機があった。
