これまでにない危険な脱獄計画をもくろむマイケル･スコフィールド。一方、兄リンカーンはエピソード冒頭から行方がわからなくなっているサラを捜し奔走する。
マイケルはマホーンと先を争いウィスラーを捜す。旧友と再会し、ウィスラーに関する重大な手がかりを入手するリンカーン。水不足に陥ったSONAでは、囚人たちのボス、ルチェロがコントロールを失い始めていた。
マイケルは携帯電話を手に入れようと危険な賭けに出る。一方、リンカーンは監禁されているサラとLJを助けるべく、決死の救出を試みる。再び薬の誘惑に駆られるマホーン。そしてうまく立ち回ろうと必死なベリック…。
リンカーンのもとに恐ろしいサプライズが届けられる! マイケルはついに巧妙な脱獄計画へと動き出す。時を同じくして、マホーンは過去の亡霊にとりつかれ、ベリックはルチェロを前に窮地に立たされる…。
監視塔の監視員に目をつけるマイケル。塀の外ではリンカーンが海からの逃亡計画を練っていた。ティーバッグは面会に来ていたルチェロの愛人を匿う。そしてウィスラーを知っているという新入りの囚人が入所するが…。
