国防総省と関係の深い企業の社員が死体で発見される。ネルは自身の高いIQを駆使してその企業に潜入、死んだ捜査官の代理として任務に就く。チームリーダーとしてのヘティに不信の念を抱く、NCISの新しい副局長、オーエン･グレンジャー。
世界的に有名なぜん虫専門家の殺人を捜査するうち、次世代防弾製品など込み入った事情が浮かび上がる。
フランクはNY市警内のパワハラを告発する人物がいるとの情報を受ける。一方、ダニーは目の前で車にはねられて死んだ女性の事件を担当するが、単なる交通事故ではないようで…。
熱湯の入った鍋を落として腕を火傷したアリソン。この処置として、火傷した傷口に別人の皮膚を移植する“同種移植”が行われた。手術から帰宅した晩、アリソンはモニカという女性が男性に連れ去られる夢を見る。
