シドニーたちはハイデンがボスになることに驚く。一方、シドニーとヴォーンはまだ冷戦中だ。ジャックの恐ろしい秘密を知ったシドニーは、不本意ながらジャックと組んでサムライを追う。
スローンが「アライアンス」を再結成しようとしていると考えるシドニー。自分の父親がCIAを裏切っているとは信じたくないナディアとの仲に亀裂が入る。
ロシアの都市の上空を飛ぶ巨大な球状の物体が目撃され、市民たちを狂わせる。イリーナが生きていることがわかり、シドニー、ジャック、ナディアは、イリーナを探しに行く。
ナディアの恩人ソフィアの恐ろしい事実が明らかになる。APOが急いでソフィアを追うなか、1人のスパイが生死のふちをさまよう。