シアトルで4か月の間に4人の女性が行方不明になった。犯人をプロファイリングして次の犯行を阻止するため、チームが呼ばれる。
活火山の底で科学者の死体と生命体が発見される。モルダーとスカリーは、この奇妙な寄生胞子の恐ろしい影響を調査する。
酒場を襲撃したのは、エクストラオーダー社という「戦争屋」から派遣された傭兵たちだった。岡島緑郎＝ロックは、事実隠蔽のために会社から見放されたのだ。なんとか海へ逃げたラグーン号を、傭兵たちの乗る戦闘ヘリが追撃する。圧倒的な戦力差にラグーン号は追い詰められるが、相手は正面からの勝負を望むかのように、距離を獲ったまま攻撃してこない。それなら挑発に乗って、ヤツラを月まで吹っ飛ばしてやろう。ロックは、とても正気とは思えない作戦を口にする。
クレアが支持しているマリアン･クラーク上院議員が顔面けいれんで入院する。政治家として世間に弱みを見せたくないマリアンは、メディアに対し大した入院ではないことを演出し、テニスによる膝の負傷を装う。一方、悲しみから立ち直れていないショーンは、アンドリュースの恩師である名医ナカノのバイパス手術ミスを疑って現場から追い出されてしまう。心配したグラスマンは、家に帰ってリアと悲しみに向き合うよう諭すが…。
サラの過去が徐々に暴かれる。ホールダーは不気味な事件を察知。囚人レイ・スワードは本性を現す。
