ハーパー･エイヴリー賞の最終候補者に選ばれたクリスティーナ。メレディスは嫉妬心を隠して、病院スタッフとお祝いムードを盛り上げる。やはり素直に喜べないベイリーは、有効な治療法がなく無菌室から出られないブレイデンの事が頭を離れず、HIV陽性患者同士の腎移植という歴史的なオペをメレディスから奪ったものの、元気がない。ところがそのオペ中に、ベイリーの頭にあるひらめきが浮かぶ。その頃、2人の姉に続いて心筋症となったリンクの容体が急変し、クリスティーナは緊急の心臓移植に臨むことに…。
ウイルス性の胃腸炎が大流行し、患者で溢れる病院でも、医師やスタッフが次々と体調不良に陥る。そんな中、重症複合型免疫不全症の少年ブレイデンが、感染が原因とみられるおでこの膿瘍で来院。しかし最初に診察をしたジャクソンも胃腸炎でダウンし、以前からブレイデンの主治医だったベイリーとエイプリルが引き継いでオペ室へと向かう。ところが、膿瘍が脳にも広がっていることが判明し、急遽デレクを呼び出すことに。その頃デレクは、世界中の科学者を前に行うスピーチの練習に没頭していたが、彼もまた胃腸炎に感染し…。
予想に反しハーパー･エイヴリー賞の受賞を逃したものの、冷静な態度で病院に戻りフランキーの心臓移植に臨むクリスティーナ。ところが心臓に傷が見つかり、急遽別のドナーを探すことに。同じ頃ジャクソンは、結果を伴わない研究を廃止するためエイヴリー財団への報告書をまとめていた。クリスティーナに賞を与えず、研究の廃止まで進めるエイヴリー財団に対し、エイプリルたち医師は不満を募らせていく。中でも、クリスティーナが受賞を逃した事実が納得できないリチャードは、キャサリンを訪ねて真実を聞き出す。
ベイリーは、ADA酵素の欠損で免疫がないブレイデンに、HIVウイルスを使って自力で酵素を作る遺伝子を体内に運ぶという、遺伝子治療を発案する。一方、クリスティーナがハーパー･エイヴリー賞の授賞式に向かう直前に、アイヴィが移植した心臓に拒絶反応を起こし、ペースメーカーが良好だった妹のフランキーも心不全に陥る。一緒に受賞スピーチを考えるはずだったメレディスは、術後の患者に付き添うため病院に居残りとなり、同行するというオーウェンの申し出も断ったクリスティーナは、激務を終えて1人授賞式へ向かう。
ホッパー・バンクス邸で遺体が発見される。IDから身元が割れ、被害者はジェームズ・スミッソンというイギリス人だと判明するが、ジェーンはその経歴が偽りであると指摘する。彼はバンクスの娘の家庭教師で、この数カ月は邸宅の離れに住んでいた。一方、ジェーンとリズボン、CBIチームの新しい上司であるマデリーン・ハイタワーが登場する。
