ブレナンとザックは、中国人外交官と謎の女性を乗せていた小型ジェット機の墜落現場へと足を運ぶ。そこでブレナンは、墜落と無関係の三つの骨の破片を見つけ、5年前に失踪した地元男性と推定。グッドマン博士が中国人外交官に集中するよう指示した後、骨の破片は自分の父親のものと主張するジェシー・ケインが現れる。ブレナン達はグッドマン博士の背後で、この謎の殺人事件の解明に取り組む。
ホッチが現場に復帰することになった。息子が保護観察下になったことや、リーパーが未だ逮捕されていないことが彼を精神的に追いつめているのではと、心配するモーガン。ある日、ケンタッキー州の薬局で、客の男性が突然錯乱状態となり、店員や他の客に被害を出す事件が発生する。
海岸に現れた船で「他のもの」のところに先回りしてウォルトを救出しようとするジャックとサイード。そしてマイケル、ケイト、ソーヤー、ハーリーの4人は自分たちに待ち受けている危険を知らずに、ひたすらジャングルへと突き進む。
脱走計画を企てるソーヤーをモニターで監視していたベンは、ソーヤーを捕らえて暴行し、更に彼の体にある物を埋め込む。フラッシュバックで明かされるのは、刑務所で仲間を裏切ったソーヤーの過去。一方、“他のもの”の一人が銃弾を受けて瀕死の状態に陥った為、ジュリエットはジャックに助けを求める。オペ室へ入ったジャックは、そこであるレントゲン写真を目撃する。
ウォルトを一刻も早く助け出したいマイケルは、ジャックを含めた4人を選び、「他のもの」たちへ向かうべきだと必死に説得する。そして海岸に教会を建て、自分の価値を見出そうとするチャーリーだが、突然ミスター・エコーに反対され、また落ち込む。