ジャングルで発見したハッチをなんとか開けようとするためにロックとブーンは破壊力のある装置を作り出すが、扉は開かれず、失敗に終わる。そして驚くべき発見をしたロックとブーンに悲劇的な出来事が起きてしまう。耐えられないほどの頭痛に苦しむソーヤーはメガネを必要とするが、ジャックが彼を助けようする様子はない。
島に辿り着いたソーヤーとマイケルは手を縛られたジンの姿を発見した。ハッチの中では、謎の男デズモンドがこの島にやってきた経緯を話し始める。そして数字を押し続ける理由も…。反発しあうジャックとロックを尻目に、デズモンドはハッチから逃走。壊れたコンピューターにより、数字が押せなくなった彼らに何が起こるのか?
ハイドラ島に渡ったジャックたちは、ウィドモアに捕らえられていたソーヤーたち を救出。全員揃ったところで島を脱出しようと飛行機へ向かうが、一足先に到着していたロックが飛行機に仕掛けられていたC4爆弾を見つける。ロックの指示に従い、代わりに潜水艇を奪ったジャックたちは、そこにタイマー式の爆弾を発見。ロックにハメられたことに気づき、必死に爆弾を解除しようとする が…。
“他のもの”と行動を共にしていたロックが突然海岸に現れ、ソーヤーを脅してジャングルに連れ出す。ベンから父親との確執を指摘され、彼を殺すよう仕向けられたロックは、自分とソーヤーの間に存在するある共通点を知る。新たに明らかになったオーシャニック航空815便の墜落に関する驚くべき事実。しかしジュリエットをかばうジャックは仲間たちの信頼を失い、その事実を知らされていなかった。
ハッチのスピーカーから突然、カウントダウンが始まる。カウントが「0」になった瞬間、ロックとヘンリーは完全に閉じ込められてしまう。一方、ヘンリーの話しを確かめに、彼が乗ってきたという気球を探しにジャングルに入るサイードたち。そこで彼らが見つけたものとは!?
