BAUがニューイングランドで最も有名な連続殺人犯を逮捕するためボストンに向かい、ホッチナーが過去の事件を再調査することに。
保釈金立替所を営むデオン･カーヴァーが、オフィスで撲殺された。殺害現場に残された靴跡、仕組まれた盗聴器などの証拠に加え、カーヴァーの妻への事情聴取を手掛かりに容疑者を絞っていくベケットたち。そこへ検視官のラニが、遺体から“暗号が書かれた紙”と“聖油による十字架 (終油の秘跡)”を見つけ出す。キャッスルは「ダ･ヴィンチ･コード!」と暗号の解読に夢中になるが、ベケットは「殺しの動機にはならない」と一蹴。ところが、暗号には驚愕の真実が隠されていた。
太った女性ばかりが標的の連続殺人事件が発生する。モルダーとスカリーは、被害者の脂肪を餌にしていると考えられるミュータントの存在を突き止める。
夢の中でヘティから本を譲られたことを思い出したエリックは、それが彼女の居場所を示すヒントだと推測。それを聞いたネルは、同じくヘティに譲られたキーホルダーを取り出し、そこについているライトを本に照らして隠されたメッセージを発見する。その後、ヒドコの機転によってメッセージがベトナムのホーチミンを示していることが分かり、カレンたちは本格的な捜索に乗り出すが、報告を受けていなかったモーズリーは憤慨する。
コールがビルに誰かいると気付き、降伏しないと人質を殺すと警告。ジャックはシドニーに逃げる時間を与える為に投降する。スローンが稼動させたシステムによる爆発を阻止する為、シドニーは侵入者が金庫のコードを解読する前に3つの爆弾を処理しなければならないが…。
