スクレが他の逃亡者たちを裏切り、金をひとり占めして逃亡する。総務省はトゥイーナーの死をめぐってマホーンを調査する。サラの元には、彼女の父を殺した魔の手が伸び始めていた。リンカーンはLJと再会するが、それは罠かもしれず…。
大統領の突然の辞任のため、リンカーンの無実を証明する手立てを失ってしまったマイケル。サラはマイケルとリンカーンの自由のために、自らを犠牲にする事を考える。ティーバッグはメキシコで逃亡を続ける。サラと会えないまま、マイケルはパナマに到着し…。
いよいよ脱獄決行という時に、新入り殺しの容疑で連行されてしまうウィスラー。ウィスラーを救出するには彼が無実であることを証明しなければならなかった。
マイケルの脱出計画を知ったレチェロも参加を希望する。
スーザンは単独でウィスラーを脱獄させることを決め、用済みになったマイケルには命の危険が迫る。同じころ、SONAの地下に隠された秘密をルチェロから知らされるマイケル。
