テロリストを追い続けるジャックは核兵器の起動を阻止しようとするが、カーティスが思わぬ行動に出て…。一方、貸倉庫に踏み込んだチームに予想外の事態が起こる。
米国土で核爆弾が爆発した。残る核爆弾はあと4つ。その捜査線上に浮上したのは、何とジャックの弟グラハムの名前だった。
悪夢はのような朝が過ぎ、ジャックは長い午後を迎えようとしていた。ジャックの父フィリップと弟グラハムの一連のテロへの関与が明らかになったのだ。核爆弾と一連のテロ攻撃はアメリカ中を揺るがしていた。
シーズン5の衝撃のラストから20カ月、相次ぐ自爆テロを食い止めるため、そしてテロの首謀者を突き止めるため、ジャックは捜査を進める。
疎遠だった父フィリップと行動を共にするジャック。そして拘束されたグラハムはジャックに対し次々と衝撃の事実を自白する。そして全米中が核爆弾とテロ攻撃の不安に苛まれる中、大統領はトム･レノックスの治安対策案は承認しないと断言。一方、CTUでも衝撃の事実が明らかになっていた。
