幾多の死を繰り返しながら、ついに白鯨の討伐を成功に導き、暗躍する魔女教大罪司教「怠惰」担当ペテルギウス・ロマネコンティを打ち破ったスバル。辛い決別を乗り越え、ようやく最愛の少女・エミリアとの再会を果たしたのも束の間、スバルはこの世界からレムの存在が消え去ってしまっていることを知る。死のループの中で白鯨に襲われたときに起きた《存在の消失》。白鯨を倒した今、起こり得るはずのない事態がスバルたちを襲う。
クルシュとの話し合いを終え、ロズワールに事態の報告と相談を行うため、アーラム村へと帰ってきたスバルたち。しかし、アーラム村に人影はなく、どうやら魔女教徒の襲撃に備えて、ラムと共に「聖域」へと避難した村人たちがまだ戻ってきていないらしい。「聖域」の情報を集めるため、ロズワールの屋敷にやってきたスバルたちを出迎えたのは、過去にロズワールの屋敷でメイドとして働いていたフレデリカという女性だった。
「聖域」へと向かう途中、意図せずして魔女の茶会に招かれてしまったスバルは、自らを「強欲の魔女」と名乗る少女・エキドナと出会う。警戒するスバルに対して、エキドナはお茶が冷める前に早く席について欲しいと告げる。エキドナとの会話を終え、どうにか外に出ることができたスバルが目にしたものは、ぼろぼろになって地面に倒れているオットーの姿だった。事態を飲み込む暇もなく、スバルは何者かの襲撃を受ける。
それは見慣れたはずのいつもの部屋のはずだった。しかし、ずっと暮らしてきたはずの自室にも関わらず、どこかつきまとう違和感。言いようのない焦燥感に駆られるスバルだったが、そんな不安は父親である菜月賢一の腕挫十字固めによって吹き飛ばれてしまう。悶絶するスバルだったが、負けじと反撃し、プロレス技の応酬が繰り返される中、母親の菜月菜穂子がそろそろお腹が空いたから、朝ご飯が食べたいとやって来る。
もう戻ることのできない場所。どれだけたくさんのものを与えられていたのかを改めて知ったスバルだったが、もう何も返すことはできない。やらなければならないことを全て思い出したスバルは、賢一、そして菜穂子と別れ、学校へと向かう。意を決して教室の扉を開けると、そこには制服姿のエキドナがスバルを待っていた。思ったよりずいぶんと早く着いたと話すエキドナに対して、スバルは制服姿がよく似合っていると返す。
ロズワールの屋敷でスバルを襲ったエルザの凶刃。命を奪われてしまったスバルは墓所の中で目を覚ます。過去と向き合うという一つ目の試練を突破した直後へと戻ったスバルは、最初に目覚めたときと同じように横たわるエミリアを抱き起こし、リューズたちの元へ戻る。そこでスバルは自分が試練を突破したことを話し、エミリアの代わって残りの試練に挑んではどうかと提案するが、その提案はガーフィールによって反対されてしまう。
小林裕介
Subaru Natsuki
高橋りえ
Emilia
水瀬いのり
Rem
名塚佳織
Frederica Baumann
新井里美
Beatrice