みさきクロニクル〜ダイバージェンス・イヴ〜

2315年―士官学校に通う傍らアルバイトに励む少女・紅葉みさき。亡き父・紅葉十三と同じ軍人への道を歩み始めた彼女だが、現実の厳しさにぶつかり悩んでいた。そんなある日、みさきが働いているうどん屋に1人の男が現れる。男の名はグレン、みさきの父・十三のかつての同僚であった…。

樹海で行なわれる野戦訓練。そこにはチームを組むみさき、キリ、ルクサンドラ、スサーナの4人の姿があった。そんな中、チームからはぐれてしまったみさきは偶然にもライアーと出会う。だが、みさきが出会ったライアーはこの時代の人間ではなかった。ライアーは時間障壁を越えて異なる時間軸の世界に来ていたのだ。

エクソダス後、本来ならばタイタンホールに出現するはずであったウォッチャーズ・ネストの居住リングは、なぜか地球のすぐそばに現れていた。時間障壁に覆われていた地球からは、グールに酷似した反応が確認される。そして、調査のために地球へ降下したライアーとコトコが見たものは、16世紀末の日本だった。

グールの反応を持つ敵・スペキュラーは、この時代の支配者である太閣のそばにいた。ライアーは太閣暗殺を目論む男・五右衛門とともに太閣の居城へ向かう。だが、ライアーたちの前には、スペキュラーだけではなく、みさきの面影を持つ謎の少女も現れた。彼女はライアーに何かを伝えようとするが…。

検査のため入院したライアーに代わり、地球へ調査に向かうことになったキリは、出発前に偶然別の生き方をしているスサーナと出会う。その後、時間障壁を越えたキリ。そこは昭和初期の東京で、今まさに青年将校たちによるクーデターが行なわれようとしていた。そんな彼らの前に出現したスペキュラーにキリが立ち向かう。

連合軍海上基地でテスト中に事故が起きた。絶望的な状況にも関わらずパイロットは生き残る。パイロットの名前は紅葉十三、みさきの父親だった。そんな中、原因不明の事故が多発していた基地内部へやって来るライアーたち。そして、みさきが歴史を変えようとしていることに気づいたライアーは十三に接触するが…。