アップルシード XIII

人類解放戦線を名乗るテロリストの乗ったランドメイトが暴走事故を起こす。出撃命令が出される行政院直属の特殊部隊ES.W.A.T.（エスワット）。その女性隊員であるデュナンとサイボーグのブリアレオスは、無事、事件を解決することに成功する。しかしその後、作戦行動中のデュナンの自分勝手な行動にブリアレオスは苦言を呈する。ふてくされたデュナンは家出をしてしまう。奇しくもそのとき再び出される出撃命令。そしてデュナンの前に、所属不明の真紅のランドメイトが立ちはだかるのだった！

休暇に出かけようとしていた矢先に、デュナンとブリアレオスは緊急連絡を受け、ES.W.A.T.に呼び戻される。3000人もの乗客を乗せた超大型旅客機のハイジャック事件が起きたのだ。しかもあろうことか、その機体はまっすぐに、彼らの住むオリュンポスの街に向かっているというではないか！ 犯人の監視の目をかいくぐり、飛行中の旅客機に乗り込む二人。しかしなんと中はまったくの無人…。人質はどこへ消えたのか？ 犯人の目的は何なのか？ そして何より、旅客機の墜落を阻止することはできるのだろうか？

デュナンの様子がおかしい。いつもそわそわし、父親の形見としていつも大切に所持していた拳銃も持ち歩いていない様子だ。その変化を不審に思ったブリアレオスは、こっそりデュナンの行動を監視することに。すると、デュナンが密かにラークなる男性と会っていることが判明する。さらに実際にラークを見て驚愕するブリアレオス。なんと彼は、デュナンの亡くなった父親にそっくりだったのだ！ 奇しくもバイオロイド自殺事件が多発している中、謎の男ラークと一連の事件との意外な接点が浮かび上がる。

ロボット警察官のコットスは、駐車違反を取り締まっている最中に、カプセル型の車椅子に乗った一人の少女に出会う。その少女にはどうしても行ってみたい場所があるという。仕方なく同行することにするコットス。一方で、少女を誘拐しようと狙っていた犯人二人組が彼らを追跡する。時間を共有し、少女の事情を知るうちに、コットスには不思議な感情が芽生えていた。誘拐犯から身をていして少女を守ろうとするコットス。犯人の銃口の前に、敢然と立ちはだかるのだったが…。

群がる吸血鬼の群れ。そして人を食らう怪物ミノタウルス。夢とも現実ともつかぬ、幻想の迷宮をデュナンがさまよい始めたのは、エリス国の要人を警護する任務がきっかけだった。政府と反政府ゲリラとの抗争で、政情不安定なエリス国。その内戦の裏では、歴史の闇に葬られた事件があった。幻想に支配され、デュナンは味方をも攻撃してしまう。異常なまでの喉の渇きを覚え、自分が犯してしまうかもしれない行為におびえながらも、真相に迫ろうとするデュナンの前に、エリヌースという謎めいた女性が現れる。

かつて、アルゴノーツなる新国家の建設を夢見た男がいた。男の名はアルケイデス。しかし多国籍企業国家ポセイドンは自国の利益を守るため、徹底的にその芽を摘んだ。アルケイデスの死後20年がたった今、廃墟と化し、難民の巣窟となったアルゴノーツから、再び独立宣言が出される。超巨大ランドメイトの存在を嗅ぎつけ、武力行使をちらつかせるポセイドンに先んじて、デュナンが内偵捜査に向かう。残るES.W.A.T.メンバーは、外部より見守るしかない。しかしながら唐突に、心音センサーの停止が確認される。それは内部状況を把握するためにデュナンに設置されたものだった…。