突如飛来した巨大エイリアンにより、危機に瀕した地球。対エイリアン研究所“モルグ”のノグチ博士は、エイリアンの残骸を繋ぎあわせ再生させる実験に執念を燃やしていた。そして、ついに強力な左腕を有するアンビバレントな巨人“フランク”を復活させるのだが…。
モルグを瓦礫に変え逃亡した銀色の巨人は、ロッキー山脈で一人の純粋な少女ハティと出会う。安らかで不思議な一時の交感。しかし、そこに降り立った1体のエイリアンが周囲を地獄に変える。ハティの恐怖に呼応したフランクは、エイリアンと壮絶な戦いを繰り広げる。
モルグで恋人マキを、そして己が未来を失ったタクトの前に、再び姿を見せた巨人フランク。その腕に抱かれた少女は、何故かマキに瓜二つだった…。フューネラルから逃げ出したフランクを捕獲するため、高機動モードに変形し追い詰めていくザルクの勇姿にも注目だ。
フランクへの復讐を果たすため、タクトはMr.Xの手引きによって、リウという別人としてフューネラルに入隊する。そんなリウに不信感を抱いたダンは、ザルクの操縦テストを受けるリウに、自らシミュレーターを操作し戦いを挑む。珍しいザルク同士のドッグファイトが堪能できる。
ニューヨークに現れたプログレッシブ・エイリアン、H2の猛威に、苦戦を強いられるザルク。そしてついにフランクの実戦投入が決行された。プラズマ化し、全てを溶解し尽くそうとするH2に、果敢に挑んで行くフランク。そして彼に憎しみの炎を燃やすリウは、復讐の機会を窺い…
戦闘の忌まわしい記憶を呼び起こされたハティを気遣い、彼女を連れ再び脱走を図るフランク。そして、必死の逃亡の末行き着いたハティの故郷。だがそこは、既に安息の地ではなかったのだ。そんな彼らを追ってきた、リウがつきつけたものは、復讐の刃なのか？それとも…
