木崎湖畔の家を借りプログラムのバイトをしながら一人暮らしをする高校生・神城麻郁は、登校途中、二人の少女と出会う。赤髪のショートヘアで活発そうな宮藤深衣奈と、緑色のセミロングでおしとやかそうな小野寺樺恋。この二人の少女との出会いが、自らの人生を大きく変えていくことを、麻郁は未だ知る由もなかった…。

麻郁は成り行きで深衣奈と樺恋を一晩家に泊めてしまう。翌朝、居間のテーブルに着き、麻郁がこの家に住むキッカケとなった写真を見る三人。だが、驚いたことに深衣奈と樺恋も同じ写真を持っていた。何故、二人しか写っていない写真を三人が持っているのか？結論の出ぬまま、二人を家に残し登校する麻郁だったが…。

麻郁の提案で、二人が家事を分担して担当し、お互いに名前で呼び合うことになる深衣奈と樺恋。だが一緒に暮らすうち、深衣奈は次第に麻耶のことが気にかかるようになっていく。樺恋はそうした深衣奈の様子が気になって仕方がない。そんな折、書類作成の進行具合の確認を口実に椿が麻郁の家にやってきて…。

麻郁だけに頼っては悪いとバイトを思い立った深衣奈と樺恋。その気持ちがうれしい麻郁は、椿たちに二人のバイト先を探して欲しいと頼み込む。一方、深衣奈と樺恋は麻郁が通う学校で事務員募集の記事をみつけ、早速応募することに。面接の途中で二人の耳に麻郁と、麻郁と親しげに話す椿の声が入ってきて…。

級友の四道晴子たちから麻郁と康生の関係が『禁断の関係』ではないかと聞かれ、深衣奈と樺恋は困惑する。さっそく麻郁に事の真相を問いただす二人。呆れて否定する麻郁に対し、満更でもない島崎の様子を見て心配になった深衣奈と樺恋は、麻郁に対しある作戦を計画する。その作戦とは…。

麻郁に対する気持ちが次第に変わりだしたことに戸惑う深衣奈と樺恋。「肉親なら家族になれる。他人なら恋ができる。」自分はどちらを望んでいるのだろうか…。一方麻郁は、二人の気持ちの変化に気付きながらも、思い出の写真に誓った「俺は肉親を絶対に不幸にはしない」という強い気持ちを思い出す。