子供のころから転校ばかりしてきた藤島鳴海は、何の期待もなくこの街に越してきた。が、入学した高校で出会ったクラスメートの彩夏に連れてこられた『ラーメンはなまる』で、ニートたちと知り合い、あげく、その上の階にある『NEET探偵事務所』へラーメンの配達をさせられることに。出迎えたのは、パジャマ姿の幼い少女アリス。そして部屋いっぱいにあるモニターからは、数日前に鳴海が居合わせた、ある事件の現場が映し出されていた。
NEET探偵事務所に依頼に来たタイ人の少女、メオ。消息を絶っている父親を探して欲しいという依頼で、父親に持たされた鞄の中には二億円が入っていた。平坂組の力を借り、父親の捜索を開始するが、「早く手を引くように」と四代目から忠告を受けるも、メオの父を信じるまっすぐな笑顔に、それでも助けたいと答えてしまうナルミで――
メオの父親、草壁昌也の消息を追うアリスたち。メオが持たされた二億円が横領金であるという推測から、真実が見えはじめてきた。同時にメオを追うヤクザが『ラーメンはなまる』に押しかけ、連日嫌がらせをするようになる。自分が居ることでみんなに迷惑をかけてしまうと、メオは、はなまるを後にし、自分ひとりで父親を助けようと決心するが…
『ラーメンはなまる』でオーダーされた醤油ラーメンがほぼ手付かずのまま残されていた。今までにも何度か同じ目に遭っていたミンさんは、自分への挑戦状だと受け止め徹夜でスープの改良に努める。時を同じくして、ナルミはミンさんの家に不審な人物が出入りしているのを目撃する。調べるてみると、ミンさんのさらしが盗まれていた。これも初めてではないことから、ニートたちはアリスに相談を持ちかける。
インディーズバンドのプロモーションを請け負うことになった四代目は、その手伝いにと、アリスからナルミを借り出す。元々別のヤクザの組が絡んでいた厄介な仕事だというが、そのうち、平坂組に汚名を着せるような事件が起こる。一方、ナルミはアリスのおつかいで来た上野動物園で、ライブハウスで知り合った錬次という男と再会していた。
ナルミは、再会した錬次との会話でその境遇を知り、友達になろうと提案するが、義兄弟の盃を交わそうとする錬次の所作への既視感と、次の予定があるライブハウスへ行こうとする自分への忠告に、何かを感じていた。向かったライブハウスでは小火騒ぎが起こっており、呆然となるナルミと、すべてを悟った四代目で――
松岡禎丞
Narumi Fujishima
小倉唯
Alice
生天目仁美
Min
松風雅也
Tetsu
櫻井孝宏
Hiro