キラキラ一番街に住むユートは、ちょっぴりグータラな男の子。ある日妹ユイのお迎えを頼まれたユートは、そこで不思議な宇宙犬ワンダと出会う。ワンダは、地球をバグミンの危機から救うためにやってきたのだという。「オレには関係ない」と言うユートだったが、ワンダが持ってきたカミワザショットを興味本位で修理したことから、ユートしかバグミンを捕獲することができなくなってしまう……！

ユートの家で暮らすことになったワンダ。ユートの父や母、友達のミライやシュウも、ワンダの存在に戸惑うが、理解を示す。そんな中、地球をバグミンで支配する使命を受けたバグバイツの三人組が『ワザワイプログラム』を街にばらまく。現れたのは、バグカギミン！ バグカギミンは、いろんな鍵にイタズラし、街中を混乱させてしまう。ついには、動物園の檻の鍵まで開けてしまって…。

ある日の休日。外は晴天だというのに、ユートは家でゲーム三昧。呆れたワンダは、ユートとのパートナーを解消し、自らバグミンの捕獲に向かう。するとひょんなことから『レールバグミン』と遭遇。レールバグミンに乗って街中を連れ回されているうちに、シュウの家に行き着いた。ユートと違って、優秀なシュウに感動するワンダ。「次のパートナーになってほしい」とシュウをスカウトするが……。

5月の第2日曜日は母の日。ユイは似顔絵、シュウはカーネーション、ミライはお手伝い、二コルは手品など、皆さまざまなプレゼントを用意していたが、ユートは何も考えていなかった。そこでママとパパが出かけている間に、家を掃除して驚かせようと思い立つ。しかし、次々にバグミンが現れ、家の中はトラブルの連続！ 掃除よりもバグミン捕獲に追われてしまう！ 果たしてママへのプレゼントは成功するのか!?

今日もユートとワンダは、バグミンの捕獲に奮闘！ バグチャッカミンを発見するが、どこかで見失ってしまう。翌朝、そんなこともすっかり忘れたユートは、シュウとミライ、シュウの両親と一緒に、河原にバーベキューに行く。プロミンたちと協力して、カマドを組んだり、薪を集めたり、楽しく過ごすユート。だがそのとき、カマドの火がおかしいことに気づく。なんとバグチャッカミンを連れてきてしまっていた！

ミライは『ちびっこのど自慢大会』に出場することになってしまう。ノリ気ではなかったミライだが、大会当日が両親の結婚記念日だと分かり、両親に歌のプレゼントをしようと思い立つ。ユートやワンダも、生演奏をしてくれるガッキミンを召喚して、ミライを応援。だがそのとき、ミライはなぜかマイクが手放せなくなり、ずっと歌い続けるようになってしまう。すべてはバグマイクミンの仕業だった！