7年前、渋谷に隕石が落下。その災害から立ち直ろうとしいる人類に、さらなる脅威が。地球外生命体ワーム。ワームに対抗する秘密組織 ZECTは、マスクドライダーシステムを完成させつつあった。だが、その思惑とは無関係に選ばれた運命の男。天道総司!

ZECTに属さない者に、ライダーになる資格はない!と言い放つ田所たち。不安を覚える加賀美は、仲間になってくれるよう天道に懇願する。一方、ZECT本部から正式なカブトの資格者が派遣された。ベルトとバイクを引き渡すべく、岬が接触ポイントに…。

人間に擬態し、殺害して相手になりすますワームの習性。だが、ふとしたことから殺害が未遂に終わり、同じ人物が2人存在することに。どちらが人間でどちらがワームか見きわめること。それが加賀美たちのミッション。そうと聞いた天道が繰り出す秘策とは!

加賀美の前に現れる少年･亮。最愛の弟との再会に、加賀美は心を踊らせる。だが天道は疑念を抱いた。ZECTのメンバーの前に、2年前に失踪した弟が突然現れる。だが、そんな都合のいいことがあるはずがないと…。

ZECT本部の特別チーム。そのミッションは、ZECTの指令に従わないカブトを捕獲すること。カブトをおびき寄せるべく、ワームをあえて野放しに。そんな非情にして苛烈な作戦に参加する岬。だが、当の天道はのんきに、ひよりとデートの約束をする。

ZECTの虜囚となり、ノンストップで訊問を受ける天道。「これでヤツがZECTメンバーになってくれれば、すべてうまく行く」と加賀美は自分に言い聞かせるが、やはり自分に嘘はつけない。東･岬チームを向こうに回し、加賀美の天道救出作戦が始まる。