ある日、新導クロノが学校へと登校すると、下駄箱に誰が置いたか分からない謎のカード束と、どこかの場所を示す地図が入っていた。放課後、地図に書かれた場所へと向かうクロノ。そこは「カードキャピタル２号店」というカードショップだった。

葛木カムイとの対戦を通じてヴァンガードの楽しさを知ったクロノは、続いてヴァンガード普及協会から出されるクエストにチャレンジすることに。しかしそこに多度ツネトをリーダーとするチーム「トリニティ・ドラゴン」が現れ、邪魔してくる！

対戦相手募集のクエストを受けて、待ち合わせ場所であるショッピングモールへと向かうクロノ。しかしクエストの依頼主は急な用事で来られなくなってしまい、クロノは代理として現れた伊吹コウジという青年とファイトすることに。

「おばあちゃんの家に忘れてきたカードを自宅まで送って欲しい」という少年のクエストを受けたクロノ。早速そのおばあちゃんの家を訪ねてみるが話が通じず、訳の分からないうちに家の手伝いを押しつけられてしまう。さらにそこに同じクエストを受けた綺場シオンも現れて...。

いつも愛想が良いとは言えないクロノだが、今日はいつもにもましてご機嫌斜め。トコハをはじめ周りのみんなもそんなクロノの気配を感じ、何があったのかと訝しむ。果たしてクロノの機嫌が悪い理由は...！？

ドラゴンエンパイア支部ではクランリーダーである安城マモルとファイトすることが出来るイベントが行われており大盛況。イベントに参加したクロノの前に、不審な動きをする協会のマスコット、ヴァンガ郎くんが現れて...。