A.D.2031年…。繁栄を続ける人類の前に、“ハーディアン”と呼ばれる未知の変異生物が確認された。それから20年。その存在に気付いた者たちにより結成された国際防衛組織N.I.D.F.（Neo International Defence Force）は、燻京香総司令を中心に、戦闘機ヴァイパーの開発をはじめ、人類の英知を結集させた数々の兵器を拡充し、来るべき“その時”に備えていた…。パイロット候補の哀羽シュウたちは、日々その目撃数が増すハーディアンの調査、そしてその出現に何らかの関係を持つという遺物「死者の書」の調査を進めていた。そして、ついに“その時”が人類に訪れる…!!!