西暦2196年。人類が謎の敵「木星蜥蜴」の攻撃を受けて1年が経過し、ネルガル重工はスキャパレリ・プロジェクトを発動する。そんな中、幼なじみのミスマル・ユリカと偶然再会したテンカワ・アキトは、彼女を追ってネルガル重工の地下ドックに向かい、未知の魅力を秘めた新造戦艦・ナデシコと運命の出会いを果たす。
ナデシコの性能を知った地球連合軍は、その所有権の剥奪のため戦艦トビウメを差し向ける。その頃、ムネタケはナデシコ艦内を制圧していた。クルーの反対を押し切って、連合軍との交渉に応じることを決意したユリカは、人質としてトビウメに乗艦する。艦内に絶望感が漂う中、ガイは団結しようと呼びかけるのだが…。
ビッグバリアの開放を却下されたため、強行作戦に出たナデシコ。第三防衛ラインにさしかかったナデシコの前に、デルフィニウム部隊を従えたジュンが立ちふさがる。ガイを捕らえたジュンは投降を勧告するが、ユリカはそれを断ってしまう。自暴自棄になったジュンは、ガイの乗ったエスデバリスを破壊しようとする。
パイロットの補充のため、コロニー・サツキミドリ2号に向かったナデシコ。ところが、到着寸前にコロニーは爆破され、またナデシコに何者かが侵入する。だが、侵入者の正体はコロニーの生き残りで、ナデシコに配属予定のパイロットたちだった。ガイの死にショックを受けるアキトは、彼女たちと打ち解けることができず…。
コロニーでの戦闘で出た多数の戦死者を弔うために、ナデシコ艦内では連日葬儀が行われていた。多忙に追われ、会うこともできないユリカとアキト。そんな状況でユリカは、艦長の立場について悩み始める。一方、アキトも、自分に戦いを求める周囲の声に疲れていた。アキトは、その答えを見つけるために瞑想室に向かい…。
火星に到着したナデシコは敵艦隊に遭遇するが、アキトの活躍でこれを撃退し、地表への降下に成功した。当初の任務を遂行するため、ナデシコはネルガルの研究所へ揚陸艇を飛ばすが、芳しい成果はあがらなかった。その頃、故郷のユートピア・コロニーに来ていたアキトは、そこで火星の市民の生き残りを発見していた。
Rob Mungle
声の出演
Jennifer K. Earhart
Yurika Misumaru
ジョン・スウェージー
スパイク・スペンサー
佐藤竜雄
監督