キン肉マンの活躍で平和になった地球に、悪行超人が侵略を開始した。立ち向かう伝説超人 (レジェンド) だったが、新世代の悪行超人たちは若く鍛え上げられていた。惨敗した伝説超人たちは、自分たちも若き正義超人を育てようと思い立つ。彼らが最初に白羽の矢を立てたのは、キン肉マンの息子･万太郎だった!

火事場のクソ力に目覚め、キン肉バスターを放った万太郎は、自分自身に秘められた力に驚く。その万太郎の前に、若き正義超人を鍛え上げる訓練学校･ヘラクレス･ファクトリーへと向かう宇宙船が現れた。乗り込んだ万太郎に、テリーマンの息子テリー･ザ･キッドだけは憎悪の目を向けていて…。

ヘラクレス･ファクトリーでの特訓は厳しく、若き正義超人たちは次々に脱落してしまう。卒業を迎えられたのは、わずか20名だけ。その中には、万太郎やキッドも含まれていた。喜ぶ新世代正義超人たちだったが、まだ卒業試験が残されている。ニュー･ジェネレーションを名乗るには、伝説超人と戦って勝たねばならないのだ!

万太郎の対戦相手は、父親のキン肉マンだった。周囲は運命の皮肉を感じるが、当の万太郎は余裕たっぷり。彼はキン肉マンのことを、ドジで間抜けな父親としか見ていなかったのだ。かつての激闘を知らない万太郎は、父親はインチキで勝ち続けたとまで言う始末。だが、キン肉マンの技術は年老いても衰えてはいなかった!

地球に派遣されたものの、万太郎の担当は美波里公園の中だけ。東京担当のガゼルマンからは、公園の外には一歩も出るなと言われてしまう。くさっていた万太郎は、ロビンマスクの息子･ケビンマスクと出会う。正義超人とは思えない異様な雰囲気のケビンに、ミートは不安を隠せない。後日、彼の予感は的中する。

万太郎は、悪行超人軍団d･M･p (デーモン･プラント) の刺客第1号･テルテルボーイと戦うことになった。ミートのアドバイスで序盤は有利に試合を進めるが、テルテルボーイが電話をかけた瞬間、状況は一変する。テルテルボーイには対戦相手の苦手とする人物に電話をかけ、その人物になりすます必殺技があったのだ!